تکنیک ISSR، یک روش مبتنی بر PCRاست که شامل تکثیر یک قطعه DNA حاضر در فاصله تکثیر پذیر میان دو ناحیه تکراری ریز ماهواره منحصر به فرد با جهات مخالف می باشد. این تکنیک، معمولا از میکروساتلیت‌ها (ریزماهواره‌های) با طول16-25 bp، بعنوان پرایمر یک واکنش تک پرایمری که لوکوس‌های چندگانه ژنومی را برای تکثیر توالی های بین ریزماهواره‌ای با اندازه‌های مختلف، هدف می‌گیرد بهره می برد. تکرارهای ریزماهواره مورد استفاده بعنوان پرایمر، می توانند دو، سه، چهار یا پنج نوکلئوتیدی باشند. پرایمرهای مورد استفاده می توانند به هر نقطه ای از DNA متصل شوند اگرچه معمولا در انتهای 3’ یا 5’خود به یک تا چهار باز متصل بوده و براساس آنها، گسترش می یابند (شکل 1).